SEE++ stellt allgemeine Optionen zur Verfügung, die es ermöglichen bestimmte Standardeinstellungen vorzunehmen, um das Arbeiten mit dem System zu erleichtern. Alle im Folgenden beschriebenen Einstellungen werden vom Programm in einer Konfigurationsdatei gespeichert, jedes Mal wenn SEE++ beendet wird. Die Einstellungen aller Optionen bleiben also, unabhängig von den Patientendaten, erhalten. Sollte das Programm einmal nicht mehr so reagieren wie gewünscht, können sie den Ausgangszustand aller Optionen über den Button "Alle Einstellungen zurücksetzen" im Dialog "Allgemeine Optionen" wiederherstellen.